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CLabB Seminar, Reconstructing dynamical networks via feature ranking (MG Leguina)

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CLabB projects 14/10/2019

Title: Reconstructing dynamical networks via feature ranking

Speaker: Marc Grau Leguina, Wyss Center Postdoctoral Fellow, Department of Neurology, Inselspital, University Hospital Bern, University of Bern, Switzerland

When: October 17th, 2019, 15:00 Where: Room 3.20 3rd floor, Departament de Física de la Matèria Condensada, Facultat de Física, Marti i Franques 1  

Abstract: Empirical data on real complex systems are becoming increasingly available. Parallel to this is the need for new methods of reconstructing (inferring) the structure of networks from time- resolved observations of their node-dynamics. The methods based on physical insights often rely on strong assumptions about the properties and dynamics of the scrutinized network. Here, we use the insights from machine learning to design a new method of network reconstruction that essentially makes no such assumptions. Specifically, we interpret the available trajectories (data) as “features” and use two independent feature ranking approaches—Random Forest and RReliefF—to rank the importance of each node for predicting the value of each other node, which yields the reconstructed adjacency matrix. We show that our method is fairly robust to coupling strength, system size, trajectory length, and noise. We also find that the reconstruction quality strongly depends on the dynamical regime.

Link to the paper: M. G. Leguia, Z. Levnajic, L. Todorovski, and B. Zenko, “Reconstructing dynamical networks via feature ranking,” Chaos 29, 093107 (2019) https://doi.org/10.1063/1.5092170

Seminari Internacional, 'Roman agrarian & viticultural landscapes-geospatial analysys, statistics & predictive modelling: case studies research'.

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CEIPAC projects 11/10/2019

Seminari Internacional, 'Roman agrarian & viticultural landscapes-geospatial analysys, statistics & predictive modelling: case studies research'.

Es durà a terme el proper dilluns 14 d’octubre de 2019 a la Facultat de Geografia i Història de la Universitat de Barcelona i el dimarts 15 d’octubre de 2019 al Parc Arqueològic Cella Vinaria-Centre Enoturístic i Arqueològic de Vallmora  de Teià (Maresme).

Podràs trobar el programa detallat i més informació aquí.

 

Felicitats Dr. Mateo González Vázquez

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CEIPAC people 04/10/2019

El darrer divendres 27 de Setembre, Mateo González Vázquez, membre del CEIPAC i del UBICS és va doctorar al Doctorat de Societat i Cultura de la UB amb la tesis 'Food Storage among the Iberians of the Iron Age North-West Mediterranean'. Els membres del tribunal van ser Jaume Noguera, Jaime Molina i Carlos Fabiao.   La qualificació va ser d'Excel·lent, sota la direcció de José Remesal Rodríguez i Víctor Revilla Calvo. Moltes felicitats Dr. Mateo González Vázquez!

Seminar by Dra. Caterina Pedersini

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UBICS people 30/09/2019

Date: Tuesday 8th of October , 16-18h

Place: Sala de Graus – Aula Miquel Siguan , Facultat de Psicologia , Campus Mundet

Speaker: Dra. Caterina Pedersini  (Universitá di Verona)  

Title: ESTIMATION OF FUNCTIONAL CONNECTIVITY WITH fMR  

Objective: Review of some algorithms used to estimate functional connectivity networks from fMRI signal and resting-state situations.

Nuevos estudiantes en el CEIPAC

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CEIPAC people 20/09/2019

El grupo CEIPAC de la Facultat de Geografia i Història, Universitat de Barcelona, recibió el pasado 1 de Septiembre formalmente la incorporación de dos nuevas doctorandas que ahora formaran parte del UBICS.

La Sra. Laia De Frutos Manzanares ha obtenido un contrato predoctoral para la formación de doctores, en la convocatorio de 2018 (Referencia predoctoral PRE2018-084077, Cod Proyecto HAR2017-85635-P) del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades para el desarrollo de su tesis doctoral en el grupo CEIPAC durante los años 2020-2023. El título de la tesis será: 'Relacions culturals i comercials a Catalunya a partir de l'estudi de les lucernes romanes (s.I a.C.-IV d.C.)'.

La Sra. Maria Aide Gómez Robledo ha obtenido un contrato predoctoral para la formación de doctores, en la convocatorio de 2018 (Referencia predoctoral PRE2018-086273, Cod Proyecto HAR2017-85635-P) del Ministerio de Ciencia, Innovación y Universidades para el desarrollo de su tesis doctoral en el grupo CEIPAC durante los años 2020-2023. El título de la tesis será: 'Las elites municipales y su relación con la arquitectura teatral hispana (s.I a.C.-s.III d.C.)'.

Felicidades a las dos y bienvenidas como nuevos miembros del UBICS!

Entrevista a C.Miguel a GEFENOL

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GEFENOL people 16/09/2019

La doctora Carmen Miguel, miembro del UBICS fue entrevistada el pasado 13 de Septiembre en la IX Escuela de Verano GEFENOL.

Aquí adjuntamos la entrevista:

Carmen Miguel es doctora en física y Profesora Asociada en el Departamento de Física Fundamental de la Universidad de Barcelona desde 2006. Tras haber realizado sus estudios entre Zaragoza y Barcelona, continuó su carrera investigadora como investigadora postdoctoral en EEUU, Italia y Finlandia. Su investigación gira en torno a la física de la materia condensada y, más concretamente, a los defectos topológicos y los fenómenos que estos generan. La semana pasada visitó Santander para participar como profesora con un curso en la IX Escuela de Verano del Grupo de Física Estadística y Física No Lineal. Allí tuvimos la oportunidad de hablar con ella acerca de su trabajo.

P: ¿Es la primera vez que participas en una escuela de estas características?

Sí, aparte de un curso más corto que impartí en Granada, es la primera vez en España.

P:  Ya has estado hablando con los estudiantes, ¿qué sensación tienes?

Muy buena: me gusta mi parte docente y me gusta el contacto con la gente que está empezando.

P: ¿Tiene que ver tu parte docente con tu campo de estudio?

Sí, aunque más en el pasado. Tengo más experiencia acumulada en ese campo y por eso me siento más capaz de dar un curso sobre ello.

P: ¿Qué significan los defectos en los materiales?

Los defectos están en todas partes. Pasa como con nosotros: todos tenemos defectos. Los materiales también los tienen porque son sistemas abiertos, es decir, que están en contacto con el mundo exterior. Así que pueden tener impurezas, perder alguna molécula o algún átomo. Hay unos defectos que son más relevantes, los defectos topológicos, que también aparecen de una manera natural y espontánea.

Estos defectos son necesarios para deformar de manera reversible o plástica un material. Por ejemplo, doblar una cucharilla de metal solo es posible porque tiene defectos en su interior. Si no existieran ocurriría que, al hacer fuerza, directamente la cucharilla se rompería. Los defectos se encuentran naturalmente en los sistemas porque los materiales crecen de una manera no ideal. Cuando se forma algo, por ejemplo un cristal de hielo a partir de agua, ocurre en unas condiciones en que lo más natural es que tenga muchas inestabilidades o defectos en su estructura, que suelen ser un poco más complejas que un átomo más o un átomo menos. La Naturaleza es sabia: cuando crecen las cosas de manera rápida, no lo hacen perfectamente; para eso se debe hacer en el laboratorio muy lentamente, en una atmósfera controlada y limpia. Los defectos no son malos: aportan cosas nuevas. Ajustar un objeto a una forma puede hacerse porque tiene estos defectos en su interior; si no, estaría rígido. Imagina que te sientas en una silla… ¡y que directamente se rompa la pata! Los materiales con defectos son como las personas. Las que tienen muchas capacidades son más versátiles y se adaptan mejor a las situaciones de la vida. Si eres perfecto y te sacan de las condiciones que han dado lugar a esa perfección, no eres capaz de adaptarte. ¡De hecho, te rompes!

La Naturaleza está llena de cosas que son defectuosas: nosotras somos defectuosas también. Si no, no podríamos reaccionar frente a los cambios. Tiene que ver también con física básica. ¿Has oído hablar de la entropía? La termodinámica nos enseña, desde un punto de vista más formal y académico, que el desorden es bueno y permite adaptarse, fluir y evolucionar. Si no, sería aburridísimo.

P: La topología tuvo un gran protagonismo hace algunos años, con el Premio Nobel…

Hace muchísimo tiempo que se estudiaron estos defectos. Como a veces pasa con esto de los Premios Nobel, no se reconoce el valor a algunos trabajos en el momento sino más adelante, al cabo de bastante tiempo. La gente se da cuenta de que cosas que se han predicho de forma fundamental y teórica pueden tener aplicaciones en la vida y, de hecho, pueden ser relevantes para explicar fenómenos que se observan experimentalmente más tarde. El Premio Nobel se ha otorgado hace 3 años, en 2016, a un trabajo que se realizó a principios de los 70.

Además, ahora hay un boom en la actividad porque los defectos se observan no solo a nivel de la estructura espacial de estos materiales sino también en la estructura de bandas energéticas, con electrones. Esto les confiere a los materiales propiedades muy interesantes y diferentes a nivel de transporte, como pasa con los conductores. Se llaman aislantes topológicos y están muy de moda en la parte de la física de estado sólido.

También se utilizan para intentar proponer membranas celulares sintéticas que puedan facilitar que una membrana se mueva como lo hace de verdad en nuestro cuerpo, emitiendo, flagelos. Una membrana tiene defectos topológicos porque está hecha con fibras enganchadas las unas con las otras. La física estadística y el movimiento de los defectos es lo que puede facilitar la observación de cómo se inestabiliza una membrana y se hace más líquida.

P: ¿Cuál es tu campo de estudio actual?

Ahora mismo estoy estudiando sistemas que están vivos. Me dedico a pensar en modelos que puedan utilizarse para entender el movimiento colectivo de animales sociales, de los que les gusta ir juntos. Estudio por qué algunos pájaros se mueven juntos o cómo hacen para realizarlo de una manera tan eficiente sin chocarse. Si entendemos cómo lo hacen de una manera tan simple y sin ser tan inteligentes, podremos quizá imitarlo después y hacerlo también nosotros. Ahora la física, por suerte, con las mismas herramientas que hemos usado siempre para estudiar cosas más 'normales', puede intentar abordar el estudio de otros sistemas que hasta ahora no nos habían preocupado tanto.

Enlace oficial: https://ifca.unican.es/es-es/news/Paginas/Entrevista-a-Carmen-Miguel-en-la-IX-Escuela-de-Verano-GEFENOL.aspx?fbclid=IwAR2oVNRBDMwh-pBZESrvRzWVpMkEVUPw3Qdy1B0G-lInzUucT0JokCHCfVo

Publicación reciente: "Intermittency of Deformation and the Elastic Limit of an Icosahedral Virus under Compression" (puedes encontrarlo aquí).

 

 

 

El Centre de Llenguatge i Computació, guardonat a la competició NEGES 2019

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UB test 21/06/2019

La negació és un fenomen lingüístic complex de creixent interès en la lingüística computacional. La detecció i el tractament de la negació és rellevant en una àmplia gamma d’aplicacions, com l’extracció d’informació, la traducció automàtica o l’anàlisi de sentiments. El certamen NEGES, dins del fòrum d’avaluació IberLEF del Congrés Internacional de la Societat Espanyola de Processament del Llenguatge Natural (SEPLN 2019), té com a objectiu ser un espai de trobada per a tota la comunitat científica que estudia aquest fenomen en la llengua espanyola.

Membres del Centre de Llenguatge i Computació (CLiC) de la UB, dirigit per la professora M. Antònia Martí (membre també del UBICS), han guanyat la competició NEGES 2019 en l’apartat d’identificació de claus de negació, que té com a objectiu avançar en la identificació de marcadors de negació d’una manera automàtica. Per això, els participants han desenvolupat un sistema capaç de detectar totes les claus de negació presents en un document. Els diferents sistemes s’han provat amb el corpus SFU ReviewSP-NEG.

+ info: https://www.ub.edu/web/ub/ca/menu_eines/noticies/2019/06/016.html

 

Annual Report 2018 available

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UBICS projects 12/06/2019

Annual Report 2017 available:

- PDF format

- ISSUU viewer

Jocs per l'habitatge

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UB projects 31/05/2019

Usuaris i professionals de biblioteques de tres municipis de la demarcació de Barcelona (Olesa de Montserrat, Granollers i Barcelona-Fort Pienc) i els investigadors Anna Cigarini i Julián Vicens, del Grup de Recerca OpenSystems de la UB, i membres del UBICS, han impulsat un projecte de ciència ciutadana que vol conèixer diversos aspectes relacionats amb l’accés a l’habitatge. El projecte forma part del programa BiblioLab, de la Xarxa de Biblioteques Municipals de la Diputació de Barcelona, i té la col·laboració dels ajuntaments participants.

Jocs per l’Habitatge, que és el nom d’aquest projecte, té com a objectiu fer participar la ciutadania en la recerca de solucions a problemàtiques locals. Així mateix, concep la biblioteca com un node comunitari i situa els bibliotecaris com a facilitadors de la generació d’un nou coneixement que respon a una preocupació compartida per habitants dels tres municipis.

Les intervencions a l’espai públic es duran a terme els propers dies a diferents places dels municipis participants: al barri de Fort Pienc (Barcelona) tindrà lloc el divendres 31 de maig a la plaça del Fort Pienc; a Olesa de Montserrat es farà el dissabte 1 de juny a la plaça de Fèlix Figueras i Aragay, i el divendres 7 de juny serà la plaça de Josep Maluquer i Salvador de Granollers la que acollirà aquest acte.

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Més informació:

https://www.ub.edu/web/ub/ca/menu_eines/noticies/2019/05/050.html

http://www.ub.edu/opensystems/news/

 


 

Premi Wagensberg per Ricard Alert

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Complexitat.cat people 22/05/2019

L’investigador biofísic Ricard Alert Zenón ha estat guardonat amb el primer premi Jorge Wagensberg que atorga l’associació Complexitat.cat a la millor tesi presentada a Catalunya sobre Sistemes Complexos en el 2018. En Ricard Alert, membre del UBICS i actualment postdoc en Princeton, va dur a terme la seva tesis a la Universitat de Barcelona gràcies a una beca de "La Caixa". L’acte va tenir lloc el dia 21 de Maig a l'IEC.  
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